清初，励精图治的进取精神和蒸蒸日上的国势，造就了一批忠于国家、爱护百姓、清正守法、克己奉公的廉能之臣，袁懋功就是其中的一位。
据《清史稿》记载，袁懋功，字九叙，顺天府香河县（今河北香河）人，顺治三年（1646年）进士，是清朝的首科进士。袁懋功始任礼科给事中，继为刑科给事中、太常寺少卿、通政司通政使、刑部侍郎、吏部侍郎、光禄寺少卿、都察院左副都御史、户部右侍郎，以其优秀的治事表现，逐渐脱颖而出，从而受到顺治皇帝赏识，于顺治十七年（1660年）钦点为云南巡抚。
边陲滇地，自古难治。多族杂居，部落星聚，各自为政，叛服如戏，有的甚至勾结外夷，威胁国家统一。诸葛亮正是看清了它的复杂性，才不辞劳苦，亲率大军，“深入不毛”，在吃了不少亏之后，仍然对酋首孟获七摛七纵，终令其俯首臣服，誓言“南人不复反矣”。
袁懋功任云南巡抚时，云南虽已纳入清朝版图，但官心不定，民心未安，经济凋敝，满目疮痍，更兼吴三桂飞扬跋扈，顺昌逆亡，久有异志。显而易见，这个巡抚并不好当，非忠诚干练、胆识俱备者不能为，而袁懋功正是凭他的“才品敏练”才被顺治皇帝慧眼识珠，委以重任的。
袁懋功到任后，首先发展生产，改善民生。将军用土地出租给农民耕种，只要上交一定数量的谷物，其余的即可归自己所有。这样，既恢复了经济，增加了社会财富，又吸引大批游民成为稳定的自耕农，同时还有效保障了军队的供给。其次，减轻赋役，爱惜民力，惠民安民，休养生息。再次，革除弊政，整顿治安，使政通人和，路不拾遗，五业繁荣，重现生机。一系列有效措施，极大促进了农业生产，人口增加，社会秩序逐渐稳定，久经战乱的云南人民实现了安居乐业。
袁懋功认识到要想使云南长治久安，除了发展经济，还必须使各民族间互帮互助，和睦相处。其最有效之法莫过于兴办学校，教而化之，知书达理，移风易俗。到任次年，袁懋功将自己的想法上奏给清廷，他说：“欲其归附，最难固结。若以威慑之，仅可勉强一时，如以德绥之，将永戴百世。”这里的民风与中原大不相同，强悍好斗，难以驯服。即便土酋归附一时，也很难持久，往往慑于朝廷的威势，强做收敛，但不知何时又会兴风作浪。唯有施之以德，教之以礼，春风化雨，润物无声，令其心悦诚服，永世感恩才能长治久安。
他提出“滇省土酋，既准袭封。土官子弟，应令各学立课教诲，俾知礼义。地方官择文理稍通者，开送入泮应试”，鼓励土司送自己的子弟到学校去上学。凡是准备承袭土官职务和爵位的，必须经过学校的教育之后才能取得相应的资格。学官根据其天资禀赋，因材施教，课以督责，使其熟悉四书五经，服膺儒家礼义，等到其做土司的父兄故去，便让该子弟回去接任。其余子弟中成绩突出的，鼓励他参加科举考试，通过国家选拔人才渠道进入官僚队伍。
袁懋功认为在教学过程中要注重情感上的交流，每逢重要节日，师生便欢聚一堂，羊羔美食，亲如一家。天热了，给予真丝凉衫；冬来了，又发给貂裘皮袄，使其就像住在自家一样。这样，既可拉近彼此心与心之间的距离，又能化解不少的争斗，文明其精神，富足其生活，逐渐融入民族大家庭中。
其后，清代历任治滇官员都按袁懋功之法，积极发展土司地区的教育，效果也十分明显。据民国时期的《新纂云南通志》统计，清朝云南共有808人考中进士，9906人考中举人，超过之前历朝之和。各少数民族的语言和生活习惯，与内地人民无异，特别是“野性未驯”、时而反叛之事已经很难见到。
袁懋功抚滇一个绕不开的问题就是吴三桂，这也是一个更为棘手的难题，朝廷也是头疼不已。据《清稗类钞》记载吴三桂奢侈无度，“公暇，辄幅巾便服，召幕中诸名流宴会。酒酣，三桂擫（手执之状）笛，宫人以次高唱入云。旋呼颁赏，则珠玉金帛堆置满前，诸宫人相率攘取，三桂辄顾之以为乐。”又称“知县以上官，有才望素着及仪表伟岸者，皆令投身藩下，蓄为私人。”吴三桂轻财结客，自然也没有放过袁懋功。
可袁懋功显然是有备而来的。他以“镇之以静”来应之，两袖清风，静如止水。既不同流合污，唯其马首是瞻，也不泾渭分明，与其迎头相撞。冷静观察，谋定后动。和而不同，不卑不亢。他的分寸拿捏得极好，吴是王爷，爵位在此，他谨守一个“礼”字，公事多沟通，以减少误解和猜疑。做事时占住一个“理”字，凡事做在理上，尽职尽责，不越雷池，让他挑不出半点毛病。但袁懋功可不是唯唯诺诺、明哲保身的庸官滑吏，属于职权范围内的事情，他敢于放开手脚，兴利除弊，强忍果毅，说到做到，因而“无敢犯其法者”。公事之外，他没有私交，对于吴三桂的刻意笼络，他恭而敬之，予以他的各种好处，他堂堂正正，悉数充公。
他胆大心细，很有见识，凡遇疑难，大家都一筹莫展之时，他往往一针见血，抓住要害，只言片语即拨去迷雾，天地洞开。他温和如春，平易近人，“生平无疾言遽色”，具有很强的亲和力与凝聚力。他克己奉公，以身率下，严而不刻，唯真唯诚，行无形之教，化难化之人。故而，上下左右都发自内心拥护他，爱戴他，“其部曲皆爱重之”。他的施政非常成功，“抚云南九载，政绩大著。”康熙皇帝甚为满意，特于皇宫亲自召见他，除高度肯定他抚滇的勋绩，还赐予鞍马袍服。
康熙八年（1669年），袁懋功调任山东巡抚。此时，由于连年灾荒，齐鲁大地饿殍遍野，百姓生活十分艰难，再加上积重难返的各种弊端，致使流民泛滥，治安恶化，问题成堆，荆棘遍地。袁懋功到任后，忧心如焚，不顾年衰体弱，风餐露宿，访贫问苦，寻求救治之道，以兴利除弊，上分国家之忧，下解万民倒悬。他将赋税、垦荒、治安、执法等问题，归纳成十条，然后上奏给朝廷。语之恺切，心之焦灼，意之笃诚，令康熙皇帝为之动容，大多采纳。
由于殚精竭虑，不辞苦辛，终于积劳成疾，一病不起。鉴于袁懋功的卓越治绩和山东各界的强烈要求，康熙皇帝特准他“卧治山东”，以慰勋劳。
忍着外有酷暑、身染毒疮的巨大痛苦，袁懋功一刻也不敢懈怠，日日卧床处理政务，终至膏肓，无药可治。弥留之际，口述遗疏，恳请朝廷根据山东百姓急需休养生息的客观实际，能够推出更多惠民、安民的政策措施。满篇皆是民生，而无一字私求。
康熙十年（1671年），为国为民辛劳一生的袁懋功殁于山东巡抚任上，享年六十岁。朝廷内外，痛悼不已。素有“直臣之冠”美誉的魏象枢特作挽诗：
节钺重开抚二东，清操惠政许谁同。百年鼎望归梧凤，数载深劳起泽鸿。风雨漫催双鬓老，弟兄真惜此人空。回思滕馆分襟日，萧索秋心寄野蓬。
山东百姓沿途哭拜者不绝于路，有数百人护送灵柩回袁懋功原籍香河安葬。
